Байгаль Хамгаалах Сангийн гадаад хамтын ажиллагааны үндсэн зорилго нь байгууллагын хэтийн болон цаг үеийн зорилтыг зохистой шийдвэрлэхэд болон байгууллагын дотоод үйл ажиллагааг хөгжүүлэхэд гадаад хүчин зүйлсийг оновчтой ашиглах, нягт уялдуулахад оршино.

Байгаль хамгаалах сан нь НҮБ-ийн Уур амьсгалын өөрчлөлтийн суурь конвенцоор хүлээсэн үүргийн дагуу Даян дэлхийн байгаль орчны сан (ДДБОС)-гийн санхүүжилтээр Монгол улсын УАӨСК-ийн хэрэгжилтийн талаарх үндэсний гуравдугаар тайлан илтгэлийг боловсруулах төсөл (TNC), 2 жил тутамд хүлэмжийн хийн ялгаралт, шингээлтийн нэмэлт тайлан-илтгэл (BUR), НҮБУАӨСК -ийн хүрээнд 2015 оны хэлэлцээрт Монгол улсын оруулах хувь нэмэр баримт бичиг (INDCs) зэрэг төслүүдийг амжилттай хэрэгжүүлж байна.

Монгол, Япон улсын Засгийн газрын хооронд “Нүүрстөрөгч багатай хөгжлийн түншлэл ”-ийн баримт бичгийн хүрээнд хүлэмжийн хийн ялгаралтыг бууруулахад чиглэсэн улс орнуудын хүчин чармайлтад дэмжлэг үзүүлэх зорилготойгоор Хамтарсан Кредит Олгох Механизм /ХКОМ/-ыг хэрэгжүүлэхэд хоёр улс хамтран ажиллах болсон. Япон улс одоогоор энэхүү түншлэлийг 12 улстай байгуулаад байгаа бөгөөд Монгол улс тус түншлэлийг Япон улстай байгуулсан анхны орон юм.

Байгаль хамгаалах сан нь НҮБ-ын Уур амьсгалын өөрчлөлтийн суурь конвенцийн хүрээнд байгуулагдсан Дасан зохицох сан болон Уур амьсгалын ногоон сангийн боломжит Үндэсний хэрэгжүүлэгч нэгжээр 2014 онд сонгогдсон. Эдгээр сангуудын үндэсний хэрэгжүүлэгч нэгжийн итгэмжлэл авснаар уур амьсгалын өөрчлөлтөд дасан зохицох болон сааруулах чиглэлийн төсөл хөтөлбөрүүдийг хэрэгжүүлэх, төслийн менежментийг аль нэг олон улсын байгууллагаар дамжуулалгүй өөрсдөө хийхийн зэрэгцээ улс орны хөгжлийн бодлого, тэргүүлэх чиглэлтэй илүү нягт уялдуулах нөхцөл бүрддэг нь давуу тал болдог.

Олон талт хамтын ажиллагааны хүрээнд байгаль орчин, нийгэм, эдийн засгийн тогтвортой хөгжлийг дэмжих чиглэлээр Монгол улсад үйл ажиллагаагаа явуулж буй дотоодын болон гадаадын байгууллагуудтай сангийн хүчин чадлыг нэмэгдүүлэх улмаар санхүү болон техникийн тусламж дэмжлэгийг үзүүлэх, нэмэгдүүлэх зорилготойгоор хамтын ажиллагааг өрнүүлж байна.